Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。（有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
遥远的恐龙时代，被称为星际病害随着陨石到地球。就连恐龙也被他们消灭。但是有一群幸存下来经由神圣之力而进化的恐龙在历经奋战后，将邪恶首脑冰冻封印拯救地球。之后它们就与贤神托林以及认同的勇者继续守护世界。随着时间的流逝，被封印的宿敌苏醒。面对地球上的生命被消灭的危机，在托林的努力下，五名勇者集结组成队伍，透过寄宿着恐龙灵魂的“兽电池”来驱动的“兽电龙”一同努力对抗邪恶军团！
从小便能看见妖怪的少年夏目贵志。自从他从祖母玲子那里继承了与妖怪成为主从并将其名字书写在上的契约书“友人帐”以来，便与自称为保镖的妖怪猫咪老师一同，开始了将名字返还给妖怪的每一天。夏目与各种各样的妖怪与善良人们相遇，在构筑温暖的场所同时，也反复寄托着想要守护重要之物的想法。
